A Bükk hegység éghajlatának sajátosságait a tengerszint feletti magasság változásai, valamint domborzati viszonyai határozzák meg.
Az évi középhőmérséklet az országos átlagnál körülbelül 2 °C-al alacsonyabb, mindössze 7-8 °C, a Bükk-fennsík legmagasabb részein még alacsonyabb, csupán 6 °C. A jelentős kontinentális hatás miatt a tél hideg (a januári átlaghőmérséklet -4 °C), a havas napok száma az országban itt a legmagasabb. Az első fagyok október elején jelentkeznek, az utolsók azonban április végéig is elhúzódhatnak. A nyár meleg, gyakoriak a júliusi eleji és augusztus végi zivatarok. Az éves csapadék eloszlására a kontinentalitás szintén hatással van. Két csapadékmaximum figyelhető meg, egy kora nyári és egy őszi. Az éves csapadékmennyiség 600-700 mm, a Bükk-fennsíkon 800 mm. A viszonylag bőséges csapadék ellenére a hegység folyó- és állóvizekben szegény, az elszivárgó víz a mészkőterületek peremén karsztforrások formájában bukkan a felszínre.
A hegység alapkőzetéből adódó változatos felszíni formák gazdag mezo- és mikroklimatikus viszonyokat hoznak létre. Az Alföldre tekintő hegylábi részeken száraz, meleg míg a központi fennsíkon, valamint a szurdokvölgyekben hűvös, párás klíma uralkodik. A fennsíkon található töbrökben még nyár közepén is mértek 0 °C alatti hőmérsékleteket.
A geológiai adottságok mellett így a klimatikus változatosság is hozzájárult ahhoz, hogy egy páratlanul gazdag flóra és fauna alakulhatott ki és maradhatott fenn.
A hegység növénytakarójának fajgazdagságát, növénytársulásainak sokféleségét számos tényező alakította, melyben nemcsak a hegység geomorfológiai, klimatikus, alapkőzeti és talajtani viszonyai játszottak meghatározó szerepet, hanem a növényzet fejlődéstörténete és kapcsolata más területek vegetációjával is.
A Bükk növényzeti képét elsősorban a kontinentális, valamint az Erdély és a Kárpátok közelségére utaló növényfajok és társulások megjelenése határozza meg. A 300-960 méterig emelkedő, változatos alapkőzetű hegység a Kárpátok és az Alföld közötti köztes helyzetben igen gazdag lehetőséget nyújt a kontinentális síksági és a hűvös magashegységi vegetáció találkozásának.
A gazdag geomorfológiai formakincs különleges mikroklimatikus viszonyai között kialakult termőhelyek nemcsak a növényzet mai képét gazdagították, hanem lehetőséget nyújtottak számos jégkor előtti, jégkori és jégkorszak utáni növényfaj, sőt növénytársulás fennmaradásának is.
A védett sziklazugokban két melegigényes harmadkori faj vészelte át az utolsó eljegesedést, a Bélkő napsütéses mészkőszikláin, a szirti pereszlény (Micromeria thymifolia), amely ma legközelebb a Balkán-félsziget szubmediterrán mészkővidékén található és a pannóniai bennszülött magyarföldi husáng (Ferula sadleriana).
A jégkorszak alhavasi vegetációjáról tanúskodnak azok a máig fennmaradt fajok, amelyek a felmelegedés után is megtalálták életfeltételeiket, a Bükk hegység meredek, északi szikláin, hűvös szurdokaiban. Igazi alhavasi reliktumnövényei a Bükknek a sárga ibolya (Viola biflora), mely hazánkban csak itt található meg, a havasi ikravirág (Arabis alpina), a hegyi kőtörőfű (Saxifraga adscendens), a tarka nyúlfarkfű (Sesleria albicans), a havasi iszalag (Clematis alpina) és a korai szegfű (Dianthus plumarius ssp. praecox). A jégkorszak utáni hideg, kontinentális idők tanúi - ún. posztglacialis reliktumai, hasonlóan a többi reliktumnövényhez, szigorúan védett ritkaságok. Ezek közé tartozik a poloskavész (Cimicifuga europaea) és a fennsík fagyzugos töbreinek, sziklás oldalain virágzó északi sárkányfű (Dracocephalum ruyschiana), amely csak itt fordul elő hazánkban.
Azok a maradványfajok, amelyek kis területre visszaszorulva éltek, időközben alkalmazkodtak az új létfeltételekhez és új endemikus fajok, alfajok kialakulásához vezettek. A Bükknek két sajátos bennszülött faja ismeretes: a Vrabélyi-estike (Hesperis vrabelyiana) és a meredek dolomit- és mészkősziklák gyepalkotója a magyar nyúlfarkfű (Sesleria hungarica).
A hegységet hatalmas erdőségek uralják, melyekben jól megfigyelhető az észak-déli és a magassági elrendeződés, az ún. zonalitás. Az Alföld-peremi részektől a magasság növekedésével a hegység közepe felé haladva egymás felett alakultak ki az alföldi erdős-sztyepp erdők, a középhegységi száraz, melegkedvelő tölgyesek, a hűvösebb gyertyános tölgyesek és a hűvös bükkösök övei. Az övek növénytársulásait gazdagon variálják a különféle alapkőzet típusokon, valamint az extrém mikroklimatikus viszonyokat létrehozó sziklás termőhelyeken (töbrök, mély völgyek, meredek sziklagerincek, sziklafalak stb.) kialakult edafikus és extrazonális vegetációtípusok.
A Bükk-fennsíkon, 700-850 méter tengerszint feletti magasságban, hatalmas összefüggő montán bükkösök (Aconito-Fagetum silvaticae) - hazánkban a bükkös zóna a legmagasabban előforduló vegetációs öv, a lucfenyvesek a Bükkben mind ültetettek - vannak. Aljnövényzetükben jellemző a kárpáti flóraelemek, például a társulás névadó növényeinek, a kárpáti sisakvirág (Aconitum moldavicum) és a karcsú sisakvirág (Aconitum gracile) megjelenése. Magashegyvidéki képet nyújt a bükkösöknek, a gyepszint néhány jellemző faja, mint például a pávafarkú salamonpecsét (Polygonatum verticillata), a berki aggófű alfaja (Senecio nemorensis ssp. fuchsii), vagy a nyúlsaláta (Prenanthes purpurea). A montán bükkösök irtása nyomán alakultak ki a nyár elején színpompás hegyi kaszálórétek (Festuco rubrae-Cynosoretum), szőrfüves gyepek (Festuco ovinae-Nardetum) melyek számos növényritkaságnak adnak otthont. A szőrfű sűrű, rugalmas gyepje a töbrök fenekét borítja, ahol a nyáron is fellépő fagyhatás miatt a bükkösök már sohasem újulhatnak fel. Egyik legnevezetesebb páfránya e szőrfüveseknek az európaszerte ritka sokcimpájú holdruta (Botrychium multifidum).
A montán bükkösöket körülvevő alacsonyabb régiók nagy kiterjedésű szubmontán bükköseiben (Melitti seu Melico-Fagetum silvaticae) szembetűnő a növényzet összetételének a megváltozása. A bükk mellett megjelennek más elegyfafajok is, pl. magas kőris (Fraxinus excelsior), gyertyán (Carpinus betulus). A bükkösök talajnedves-ségi és kémiai viszonyainak hatására az aljnövényzetnek sokszor sajátos arculatot ad egy-egy növényfaj dominanciája. Ilyen fácies képző lehet a szagos müge (Asperula odorata), bükksás (Carex pilosa), olocsán csillaghúr (Stellaria holostea), podagrafű (Aegopodium podagraria), egyvirágú gyöngyperje (Melica uniflora). A Melica unifloras bükkös, amely szárazabb termőhelyeken fordul elő, minden szintjében keverednek a gyertyános és tölgyes elemek, és a cserjeszint is gazdagabb.
Szigorú védelmet élveznek azok a meredek, északias kitettségű dolomit-mészkő sziklás oldalakon, törmelék-lejtőkön kialakult, rosszul záródó, letörpült, göcsörtös fákból álló sziklai bükkösök (Seslerio-Fagetum, Epipactici-Fagetum (utóbbi csak eocén mészkövön), amelyek számos növényritkaságnak és glaciális reliktumnak adnak otthont. Ilyen maradványfaj például az enyves aszat (Cirsium erisithales), a győzedelmes hagyma (Allium victorialis), amely az országban itt és a Bakonyban fordul csak elő, valamint a kövi szeder (Rubus saxatilis). Gyepszintjében társulásalkotó a bennszülött magyar nyúlfarkfű (Sesleria hungarica) és egy helyen, dolomiton a tarka nyúlfarkfű (Sesleria albicans). Itt kell megemlíteni egy egzotikus szépségű ritka orchidea faj, a boldogasszony papucsa (Cypripedium calceolus) előfordulását, amelynek országos fennmaradása szempontjából kiemelkedő szerepet tölt be a Bükk-hegység, sziklai bükköseinek, tölgyeseinek a megóvásával.
A délies, nyugatias kitettségű meredek mészkő-sziklás lejtők legnevezetesebb növénytársulása a hárs-kőris sziklaerdő (Tilio-Fraxinetum), amely a jégkor utáni felmelegedés, a mogyorókor kevert erdeinek az emlékét őrzi és azokra a xerotherm termőhelyekre szorult vissza, ahol már a bükk nem versenyképes. Lazán záródó lombkoronaszintjét a magas kőris (Farxinus exscelsior), kislevelű hárs (Tilia cordata) és nagylevelű sás (Tilia platiphyllos) alkotja, de számos más fafaj is megjelenhet benne. Dús cserjeszintjére jellemző, hogy benne a mogyoró (Coryllus avellana) és a húsos som (Cornus mas) kisebb fává is megnő. Gyepszintjének legjellemzőbb növényfaja a mérges sás (Carex brevicollis).
A legmeredekebb nyugati kitettségű sziklaoldalakon lép fel a hársas-berkenyés reliktumerdő (Tilio-Sorbetum), ami igen gazdag alhavasi maradványfajokban. Sporadikus, unikális foltjai kiemelt védelemben részesülnek. Egyik karakterfaja a hunyorfélékhez tartozó poloskavész (Cimicifuga europaea) biztosan már csak a Bükkben fordul elő, az ország más részéből kipusztult.
A hegytetők, meredek sziklás lejtők erdőiből lejjebb ereszkedve, a mélyen bevágódott meredek falakkal határolt szurdokvölgyekbe, egy újabb sajátos társulással találkozunk, a szurdokerdővel (Phyllitidi-Aceretum). Létrejötte szorosan összefügg a mély völgyek sajátos környezeti tényezőivel. A kevés behatoló napfény, a hideg mikroklíma, a későn elolvadó hó, az állandóan nyirkos kőzettörmelék miatt páratelt levegő hozzájárult ahhoz, hogy számos nevezetes alpin flóraelem található itt meg. A fényes levelű havasi turbolya (Anthriscus nitidus) a völgyaljak humuszban és nitrogénben gazdag talaját kedveli. A sárga ibolyának (Viola biflora) hazánkban egyedüli termőhelye a Leány-völgy, nyirkos hideg kőtörmeléke. A szurdokerdő jellegét meghatározó karakterfajok, a jellegzetes becőtermésű erdei holdviola (Lunaria rediviva) és a társulás névadó növénye, az ép levelű páfrányféle, a gímpáfrány (Phyllitis scolopendrium). A gyakran előforduló növényfajok a nedvesebb nyershumusz talajok, korhadékok, valamint nitrogéndús talajok nitrofita növényei közül kerülnek ki.
A nedves, hűvös klímájú központi bükköt veszi körül, 450 m magasságig széles zónát alkotva, az ország legelterjedtebb növénytársulása, a cseres-tölgyes (Quercetum petreaeae-cerris). A déli kitettségű oldalakon messze benyomul a gyertyános-tölgyesek (Querco petraeae-Carpinetum) zónájába. Ez utóbbi mezofill társulás mindenféle alapkőzeten előfordul, 400 és 600 méter között, de beékelődve megjelenik ettől eltérő tengerszint feletti magasságokban is a kitettségtől függően. Lombkoronaszintjük zárt, aljnövényzetük csak lombfakadás előtt gazdag geofiton növényekben hóvirág (Galanthus nivalis), odvas keltike (Corydalis cava), nyugati csillagvirág (Scilla drunensis) mellett, ebben az erdőtípusban is megjelenik a Bükk egyik jellemző növénye a kárpáti pirosló hunyor (Helleborus purpurascens). A cseres-tölgyesben állományalkotó tölgyek lazán záródó lombkoronáján a fény jól áthatol, így gazdag a cserje és a gyepszint. Az alapkőzet és a tengerszint feletti magasságból adódik, hogy az aljnövényzetben egyes növényfajok dominánssá válnak. A hegytetőkre az egyvirágú gyöngyperje (Melica uniflora), a savanyúbb talajokon a ligeti perje (Poa enmoralis), míg az erősen mészszegény termőhelye-ken a fehér perjeszittyó (Luzula luzuloides) a jellemző.
A meleg, száraz délies fekvésű lejtőkön - ahol meszesebb erdei talajok találhatók - fejlődtek ki az igen gazdag cserjeszinttel rendelkező melegkedvelő tölgyesek (Corno-Quercetum petraeae-pubescentis). Legjellemzőbb cserjéje a húsos som (Cornus mas), a kányabangita (Viburnum opulus) és az egybibéjű galagonya (Crataegus monogyna). A fajgazdag lágyszárú szintben a xerotherm növényfajok dominálnak. Helyenként nagy foltokat képez az azúrkék virágú erdei gyöngyköles (Lithospermum purpureo-coeruleum). Számos ritkaság is megtalálható a melegkedvelő tölgyesekben, mint például a balkáni pilisi bükköny (Vicia sparsiflora), vagy a szubmediterrán, nagy termetű, szaprofiton orchidea-féle a gérbics (Limodorum abortivum).
A tölgyes zóna jellegzetes társulásai még a palakőzeten vagy kvarciton kialakult savanyú talajokon, meleg száraz termőhelyeken található mészkerülő tölgyesek (Genisto tinctoriae-Quercetum és Genisto pilosae-Quercetum) és a dolomiton megtalálható igen fajgazdag, reliktum dolomit tölgyes (Cirsio pannonici-Quercetum). Utóbbi egyes állományaiban helyenként 10-15 orchidea faj is előfordul egymás mellett, amelyből kiemelkedik a szubmediterrán, nyílás elején kúp alakú virágzattal rendelkező vitézvirág (Anacamptis pyramidalis).
A Bükk hegység legmelegebb, sekély talajú lejtőin jellegzetesek a tölgyesek letörpülő, cserjeszinttől alig elválasztható társulásai a bokorerdők: a mészkedvelő sajmeggyes molyhostölgyes (Ceraso-Quercetum pubescentis) és reliktum nyúlfarkfüves molyhostögyes (Seslerio-Quercetum pubescentis et virgilianae), a vulkáni kőzeten kialakult magyar-perjés bokorerdő (Poa pannonici-Quercetum) és a hegység dél-nyugati peremén, dolomiton és eocén mészkövön kialakult szubmediterrán jellegű cserszömörcés karszterdő (Cotino-Quercetum pubescentis). A bokorerdők igen fajgazdagok, de ez érthető is, hiszen itt kerülhettek egymás mellé a szubmediterrán elemek, a keleti kontinentális, pontusi fajok a pannon növényekkel, a tölgyes erdőssztyepp-fajok, a sztyepprétek és a sziklagyepek elemeivel.
A bokorerdő-társulásokhoz gyakran kapcsolódnak különböző sziklagyep- és lejtősztyepp rétek, amelyeknek számos bükki formája van. A vékony rétegű talajjal borított sziklák úttörő növénytársulásainak a hegység területén három eltérő típusát különböztetjük meg: a szilikát-, a mészkő- és a dolomit sziklagyepeket. Az alapkőzet mel-lett a fajösszetételt befolyásoló tényezők: a lejtő expozíciója és a vízháztartása. A sziklagyep társulások névadó növényei közé tartoznak az állományalkotó pázsitfűfélék, a magyar nyúlfarkfű (Sesleria hungarica) és a merev szürkészöld levelű deres csenkesz (Festuca pallens).
A mészkősziklagyep-társulásban (Diantho-Seslerietum) a Bükkben csupán a Bélkőn él egy kárpát-pannóniai benszülött faj, a korai szegfű (Dianthus plumarius ssp. praecox). A tátrai hölgymál (Hieracium bupleuroides) alpin flóraelem, a sárgás virágú, mirigyes szőrű sziklai borkóró (Thalictrum foetidum) és a kárpát-pannóniai bennszülött pillás zanót (Chamecytisus hirsutus ssp. ciliatus), a sziklagyepek ritka jellemző fajai.
A hegység vulkanikus eredetű szikláinak nevezetes szilikát sziklagyepje a magyarkőhúros szilikátsziklagyep (Minuartio-Festucetum pseudodalmaticae), amelynek egyik névadó növénye a kárpáti-bennszülött magyar kőhúr (Minuartia frutescens). Ebben a társulásban él hazánkban az igen ritka, kistermetű páfrányféle az északi szirtipáfrány (Woodsia ilvensis), amely alpin-cirkumpolaris flóraelem.
A dolomit a Bükkben csupán kis kiterjedésű, de a rajta kialakult sziklagyepek annál fontosabbak, növényzetük egyedi megjelenése miatt. A legértékesebb társulása a tarka nyúlfarkfüves-sziklagyep (Calamagrostio-Seslerietum variae), amelynek csak egyetlen előfordulása ismert a hegységben, és amelyben az alpin-subalpin névadó fűfélék közül a tarka nyúlfarkfű (Sesleria albicans) és tarka nádtippan (Calamagrostis varia) a gyepalkotó, de a szárazabb napsütötte részeken megjelenik benne a lappangó sás (Carex humilis) is. Észak-nyugati kitettségű gyepjének két ritka orchideája, a sokszor rovarutánzó orchideáknak nevezett bangó (Ophrys spp.) nemzetség egyik legkisebb és legészakabbra hatoló képviselője a légybangó (Ophrys insectifera) és az apró rózsaszín virágaival kellemesen illatozó illatos bibircsvirág (Gymnadenia odoratissima). A hűvös-nyirkos dolomitsziklagyepek jellegzetes páfránya a zöld fodorka (Asplenium viride), a legritkább pedig az újonnan megtalált, mediterrán magashegységekben élő mirigyes fodorka (Asplenium lepidum), amely csak itt fordul elő hazánkban. Meg kell még említeni a délies kitettségű gyepekben fennmaradt, interglaciális maradványfajt, a rendkívül illatos virágú, apró termetű, kúszó cserjét, a henye boroszlánt (Daphne cneorum), amely az Északi-középhegységben csak a Bükkben található meg.
Ha a nyílt sziklagyepek fokozatosan záródnak, átadják helyüket a sztyeppréteknek. Itt már szikla alig bukkan a felszínre, a félcserjés és pozsgás életformák visszaszorulnak és helyüket a kontinentálisabb éghajlathoz alkalmazkodott geofitonok és egyéves növények veszik át. Gyepjeire a virággazdagság jellemző. Az alapkőzet hatása itt már mérsékeltebben érvényesül, de mégis ez alapján különböztethetők meg típusaik. A legjellemzőbbek: a szilikátos kőzeteken gyakori szilikát lejtősztyepprét (Potentillo arenariae-Festucetum pseudodalmaticae) és a mészkőn kialakult mészkőlejtő sztyepp (Pulsatillo-Festucetum rupicolae). Utóbbi gyepjeinek néhány jellemző növénye: a tavasz egyik első szép virága a leánykökörcsin (Pulsatilla grandis), az élénksárga virágú tavaszi hérics (Adonis vernalis), a pannóniai bennszülött, kis virágú szegfű, a magyar szegfű (Dianthus potederae) és a ritkább pannnóniai-kárpáti benszülött magyar bogáncs (Carduus collinus).
A bemutatott jellemző növényzeti típusok, a bükki tájképhez tartoznak. Állományaik őrzik az élővilág értékes és ritka elemeit, amelyeket az emberi tevékenységekkel összhangban, természetes, zavartalan állapotukban kell fenntartani a jövő számára.